Oltre ai tradizionali compiti di bonifica idraulica e  di irrigazione, il Consorzio progetta e realizza interventi di tutela ambientale del territorio. La vivificazione delle lagune (escavo canali sublagunari, ripristino morfologico delle barene e velme, opere a verde) è l’attività ambientale più importante. Altri interventi qualificanti sono il ripristino di biotopi (Oasi di Ca’Mello), la costruzione e la gestione di barriere antisale sui fiumi interessati dall’intrusione dell’acqua di mare (“cuneo salino”).